预计棉花主要病虫害总体中等发生，发生面积2460万亩次，虫害发生面积2045万亩次，病害发生面积415万亩次。棉叶螨、棉蚜在局部棉区偏重发生，棉铃虫在各类寄主作物田越冬基数仍然较大，烟粉虱、棉盲蝽及黄萎病在部分棉区呈扩散加重趋势。
    （一）虫害：总体中等发生，局部偏重，发生面积2045万亩次。棉叶螨中等发生，发生面积530万亩次，其中喀什、巴州、博州、哈密局部偏重。棉铃虫一代轻发生，发生面积30万亩；二代偏轻发生，其中阿克苏、喀什、和田中等发生，发生面积235万亩；三代偏轻发生，其中南疆大部（和田、克州、喀什、阿克苏）、塔城、昌吉中等发生，发生面积105万亩。棉蚜中等发生，局部偏重发生，发生面积585万亩次。预计苗蚜偏轻发生，和田、喀什、克州、巴州、吐鲁番地区中等发生，发生面积165万亩次；伏蚜中等发生，其中哈密、博州偏重发生，发生面积420万亩次。烟粉虱继续呈扩散态势，喀什、和田、哈密棉区局部中等发生，吐鲁番偏重，发生面积70万亩次。棉盲蝽偏轻发生，其中喀什、阿克苏局部中等发生，发生面积150万亩次。棉蓟马中等发生，发生面积280万亩次。其他害虫偏轻发生，发生面积60万亩次。
    （二）病害：总体偏轻发生，以苗期病害和黄萎病为主，发生面积415万亩次。其中，苗期病害偏轻发生，和田、昌吉、塔城中等发生，如遇春季持续低温多雨，北疆棉区局部有偏重发生的可能，发生面积185万亩次。黄萎病中等发生，发生面积125万亩。枯萎病轻发生，发生面积75万亩。铃期病害、红叶茎枯病等轻发生，发生面积30万亩。